主要位于直肠和乙状结肠，可延伸到降结肠、横结肠，甚至整个结肠，偶尔可累及末端回肠。病变分布呈连续性，病灶炎症主要在黏膜层和黏腴下层，少数可累及肌层，甚至浆膜层。部分暴发型结肠炎或重症患者病变可涉及结肠全层。并发中毒性肠扩张者常见肠壁重度充血、肠腔膨大、肠壁变薄、溃疡穿透浆膜层，甚至并发急性穿孔。

　　在总性发作期，结肠病变的显著特点是黏膜水肿、充血、出血、糜烂及顆粒状改变，黏膜组织变脆，触之易出血。病灶处多有脓血和炎性渗出物，炎症和坏死灶逐渐扩大，肠腺基底部的隐窝上皮糜烂并可见点状脓肿，这些细小脓肿连接起来，形成椭圆形小溃疡，继之融合成大片不规则形溃疡，深浅不一，常沿肠壁纵轴发展。
　　溃疡之间肠管黏膜表面可见有呈岛状的炎性息肉样改变。组织病理学检査可见黏膜内有炎性细胞没润，其中以中性粒细胞、淋巴细胞、浆细胞多见，而杯状细胞减少，肠腺基底邢的隐窝处有大量坏死组织。病变肠黏膜固有层血管增多，常可见有出血和血栓形成。电镜下细胞超微结构显示：内质网扩张，线粒体肿胀，溶麻体播加及腺上皮撖绒毛变短。
　　结肠炎症反复发作，使黏膜正常结构破坏。显微镜下见隐窝结构紊乱，表现为腺体排列异常、数目减少、肉芽组织增生、萎缩及纤维毈痕形成，伴杯状细胞减少和潘氏细胞化生，并可见炎性息肉形成。由于溃疡愈合时形成瘢痕，常导致结肠缩短或肠腔狭窄。
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